,崑崙巴哈姆特

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內容說明:



BioSolveIT ReCore :基於配基的生物技術設計工具

如其名字所寓意的，ReCore定位並去除分子的核心，並且在3D-片段庫中尋找合適的替代核心，

形成一個新的骨架。 在這個過程中保持周圍的部件不變以產生一個化學上不同的查詢化合物。

ReCore是Patrick Maass在漢堡大學的生物資訊學中心與.羅氏公司合作開發的。這個軟體的開

發人員最近把它應用在基於小分子晶體結構構象的骨架遷越上。



與傳統藥物化學致力於產生活性化合物的類似物的策略不同， 核心遷越通過保留一個潛在的先

導化合物的活性，搜索新的骨架。 這個策略中使用的計算工具的目標是與結合相關的性質，而

不是與化學結構相關的性質。



基於片段的設計策略可以被用來對骨架遷越提供支援。BioSolveIT 公司CEO Christian

Lemmen說，利用電腦的配基設計的主要困難是 「能否對結合親和性進行準確預測的問題以及檢

測低親和性結合物的能力的問題，這些問題在對於片段的情況下是經常出現的。」 他解釋到，

BioSolveIT的ReCore是一個基於配基的設計工具，「這個工具通過僅僅選取連接核心片段與其

R-基團的向量進行配基結構的提取。」

英文說明:



ReCore is a computer program for scaffold hopping and core replacement:

You have a 3D structure of a ligand. ReCore can replace an unwanted part

(defined by bond cuts) so that the new part respects the dangling bonds

as good as possible. Additionally, user-defined "pharmacophore features"

can be employed to direct the search.



A typical workflow is a two stage process, of which Stage A needs to be

performed only once:



Stage A: Shredding of libraries and creation of an index for fast search

Stage B: Searching the fragment library using a query and the database

exploiting the index.






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